浮游生態系統的各個組成部分( 浮游植物、浮游動物和細菌等) 在生物泵過程中都扮演著非常重要的角色。
浮游生態系統群落組成和生物量( 即各類群顆粒有機碳儲庫) 以及該系統內不同營養級之間的轉換過程和速率都對生物泵的效率產生重要影響。
浮游植物
· 微米級的浮游植物細胞其沉降速度通常小于1m/d，毫米級的大顆粒每天可下降數百米；
· 硅藻藻華后，POC 輸出量會顯著增加;
· 通過被攝食進入微型食物環，再通過微型浮游動物或更高營養級的中型浮游動物等的糞便和尸體的沉降輸出，來提高生物泵效率，其沉降速率能夠超過100m/d，最大可以達到250m/d；
· 硅藻、甲藻和顆石藻等細胞粒徑較大或密度較高的浮游植物、浮游植物聚集體和浮游動物糞便等都具有較高的沉降速度。
浮游動物
· 通過選擇性攝食影響浮游植物生物量和群落結構；營養級別越高，浮游動物越表現出對食物的選擇性;
· 一半的中型浮游動物具有晝夜垂直遷移性，在夜晚上浮到海洋表層進行攝食，而白天回到深層進行代謝作用，直接將表層POC 以CO2或溶解有機碳的形式釋放到深層。有研究顯示，中型浮游動物的晝夜垂直遷移對總POC 輸出的貢獻在5%~ 34%；
· 翼足類和浮游被囊類具有較高的攝食率，其假糞、遺棄的黏液網和住屋具有很高的沉降速率，是碳從海洋表層向海底輸送的重要途徑。
